Скорее, это проблема в приёмнике ФНС была. У нас на десятки НДС несколько штук так же сформированы. Если открыть xml с Извещением от вводе, которое формирует налоговая, там действительно отсутствует этот реквизит.
User200 Была ошибка формирования квитанции и извещений о вводе на отчет НД по НДС в приемнике ФНС. В настоящее время ошибка исправлена, ориентировочно с 29.10.2018 должны приходить квитанции и извещения о вводе корректные.